新疆农业科学院创立于1955年，是自治区人民政府直属的综合性农业科研机构。全院现有17个研究所（中心）、10个试验场站。截至2023年9月，在职职工931人，其中高级职称524人（正高级236人，副高级288人），高级职称占56.3%；有博士149人，硕士413人；研究生学历占60.4%；40岁以下青年科技人员占62.3%。有中国工程院院士1名，国家级“百千万人才工程”入选5名，“万人计划”科技创新领军人才2名，国家级有突出贡献优秀专家7名，享受国务院政府特殊津贴专家72名，自治区优秀专家51人次。有国家现代农业产业技术体系33人，自治区现代农业产业技术体系94人。
作为自治区农业科技的主力军，新疆农业科学院紧紧围绕自治区农业发展不同阶段的科技需求，重点培育和构建了作物遗传育种、作物栽培、农业生物技术、植物保护、应用农业微生物、农业资源与生态环境、农业工程与机械装备、设施农业、农业经济与农业系统工程、农业信息技术应用、农产品质量标准、农产品贮藏与加工等区域特色鲜明的重点学科。
建院以来，全院共取得各类科研成果1573项，获奖成果634项，其中省部级二等奖以上奖励265项，审（认）定新品种502个。这些品种和成果的大面积推广应用，为推动我区农业高质量发展、保障粮食安全和重要农产品稳产保供、助力乡村振兴作出了重要贡献。
全院建有国家、部委科技平台50个、自治区科技平台26个，中长期科研基地37个。全院各类平台实验室总面积1.22万平方米，拥有科研仪器设备4152台（件）、设备总金额1.99亿元，用于试验、示范、良繁的科研用地1.5万亩。
